Fundado 1793, após a Revolução Francesa, Musée d'Histoire Naturelle tem sua origem no Jardin des Plantes Medicinales, criado por Louis XIII em 1635, que foi dirigido e executado pelos médicos reais.Durante grande parte do Século XVIII (1739-1788), o jardim permaneceu sob a direção do Conde de Buffon, um dos principais naturalistas do Iluminismo, que o aportou fama internacional e prestígio, sempre perseguindo os objetivos de instrução do público em geral, o aumento de suas coleções e a realização da investigação científica.
Nas últimas décadas, desde o final do Século XX, o museu tem dirigido seus esforços de pesquisa e educação para os efeitos da exploração humana sobre o meio ambiente., que é o tema mais importante da atualidade sob o aspecto de preservação das espécies.
Na administração pública francesa, o Musée d'Histoire Naturelle é classificado como um “grand établissement” de ensino superior.
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